農學院前身是成立于1959的新疆生產建設兵團農學院，1996年6月四校合并為石河子大學時成立石河子大學農學院，現有農學系、植物保護系、農業資源與環境系、園藝系和林學系5個系和棉花研究所、小麥研究所、試驗站3個教學科研機構。
農學院現有專任教師121人，專任教師中教授33人，副教授57人，講師31人，具有副高以上職稱教師占教師總數的74%；專任教師中博士學位教師95人，碩士學位教師21人，學士學位教師4人，碩士以上學歷教師占專任教師數量的96.7%；專任教師中35歲以下教師27人，占專任教師的22.5%；36歲~45歲教師人53人，占專任教師的44.2%；46歲~60歲教師40人，占專任教師的33.3%；45歲以下教師共80人，占專任教師總數的66.7%；專任教師中本校畢業35人，占專任教師總數的29.7%，國內其它高校畢業85人，占專任教師總數的70.3%。
教師入選國家百千萬人才1人，國家“萬人計劃”教學名師1人，國家“萬人計劃”科技創業領軍人才1人，享受國務院特貼專家6人，農業部專家3人，科技部創新團隊帶頭人1人，教育部新世紀優秀人才2人，自治區教學名師1人，自治區有突出貢獻中青年專家2人，兵團特聘專家1人，兵團創新團隊帶頭人2人，兵團首批突出貢獻優秀專家1人，兵團學術帶頭人4人，“兵團英才”第一層次3人，“兵團英才”第二層次2人，“兵團英才”第三層次5人，校級領軍人才2人，校級拔尖人才2人，校級學科帶頭人7人，校級學術骨干55名。全院教師共建成國家級教學團隊2個，校級教學團隊2個，科技部創新團隊1個，兵團創新團隊2個。
農學院以建設一流學科為目標，持續強化基地和團隊建設?，F有作物學國家一級重點學科1個，作物學、植物保護學新疆維吾爾自治區重點一級學科2個，園藝學兵團重點學科1個；作物學入選自治區高峰學科，植物保護學科入選自治區高原學科。建有科技部-兵團共建重點實驗室——新疆生產建設兵團綠洲生態農業重點實驗室1個、新疆綠洲農業病蟲害治理與植保資源利用自治區高校重點實驗室1個，兵團特色果蔬栽培生理與種質資源創新利用重點實驗室1個和兵團林業害蟲預測預報檢驗中心1個?，F有教育部科技創新團隊1個，新疆生產建設兵團科技創新團隊3個和新疆生產建設兵團2011協同創新中心1個。
農學院以培養創新性、應用型復合人才為目標，全面推進本科卓越農林人才工程和研究生創新培育工程，現有農學、種子科學與工程、植物保護、農業資源與環境、園藝、設施農業科學與工程、林學、園林等8個本科專業，作物學、植物保護學、園藝學、農業資源與環境4個一級學科碩士點和作物學（涵蓋作物高產栽培理論與技術、作物信息技術與精準農業、綠洲生態與農作制度、作物育種的原理與方法、作物生物技術5個2級方向）、園藝學（涵蓋果樹學、蔬菜學、園藝植物有害生物防治3個2級方向）2個一級學科博士點，1個作物學博士后流動站。2017年農學院本科生招生316人，畢業405人，研究生招生141人（含留學生1人），畢業94人，到2017年底，農學院在校本科生1403人，碩士生307人，博士生63人。農學院有國家級特色專業1個，國家級教學團隊2個，國家級精品課程2門，國家級卓越農林人才改革項目1個；有省級精品課程6門，省級實驗教學示范中心1個；有校級教學團隊2個，校級特色專業2個，校級人才培養創新試驗區1個，校級精品及一類、二類課程20門。
近三年，農學院教師主持國家級教改項目1項，校級教改項目11項，張旺鋒入選第三批國家“萬人計劃”教學名師，馬富裕入選第三批國家“萬人計劃”科技創業領軍人才，李魯華、馬富裕、鄭重、王開勇入選首批全國萬名優秀創新創業導師人才庫，李衛華、蔣桂英分獲第七、第八屆校級教學名師，冶建明獲校第五屆教學能手，李衛華、張建萍、石培春、冶建明獲評“天富杯”學生最喜愛的專業課教師。近三年農學院先后有4人次獲石河子大學青年教師教學競賽一、二等獎，校微課大賽一等獎和多媒體大賽一等獎。園林教研室、森林培育教研室被評為校級優秀教學基層組織。呂新教授當選“科學中國人（2016年度）人物”，張旺鋒教授入選（2017年度）全國教書育人楷模候選人，《新疆教育報》官方微信推送了關于張旺鋒的人物專訪《張旺鋒：愛農學更愛教書育人》。2017年聘任綠學者2人。
農學院以服務新疆及兵團經濟建設和社會發展為宗旨，聚焦新疆及兵團優勢產業開展科學研究和社會服務。近5年農學院獲批國家級科研項目113余項，其中國家自然基金95項，到位科研經費1.2億余元，發表SCI論文118篇，EI論文29篇，獲專利登記知識產權保護及新品種審定44項，出版學術專著50余部，獲省部級以上科研獎勵19項。針對新疆及兵團農業生產，開展基層農技人員培訓、現場技術指導、定點服務等技術服務形式，累計派出2000多人次服務基層一線，累計培訓人員近萬人，通過技術推廣與示范，累計為服務單位和農戶增收近10億元。
農學院國內國際交流頻繁，先后與美國、澳大利亞、日本等國家的許多大學和科研機構建立了長期合作關系，同時積極利用華中農業大學對口支援的契機，聘請知名專家來我校講學和開展科研合作。教師和學生出國及到國內名校進修、學習和從事合作研究日趨活躍，先后舉辦國際、國內會議十余場，十余人擔任國內學會理事、國內期刊編委，農學院所屬各學科的影響不斷擴大。(2018年3月更新）
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